哈尔滨师范大学图书馆现藏古籍1.1万余种，12万余册, 其中善本421种，6076册（明善本123种，1591册；清善本298种，4485册）。馆藏古籍涵盖经史子集丛各部，数量上集部为最、丛书次之。版本贯穿明清两代，年代最早当为明正统八年（1443年）刻本《禅林宝训》。明末抄本《古今经传序略》目前为止未见刊本，亦不见诸藏家目录，暂定孤本。另外，图书馆馆藏有53种原拓拓本、地方志660种、家谱129种、稿抄本125种。

2009年6月，哈尔滨师范大学图书馆被国务院授予“全国古籍重点保护单位”称号，是黑龙江省第一个获此殊荣的高校图书馆。图书馆古籍整理与保护工作成果卓著，至今，陆续有11部古籍善本入选《国家珍贵古籍名录》。